Samme dag som Cecilia og Une møter Leo for første gang dukker et lik opp på stranda i Skutebukta. Hvem er han og hva gjorde han i Skutebukta, og hva har han å gjøre med Cecilias mors død året før? Sammen begynner de tre ungdommene å nøste i trådene til det som skal vise seg å bli CLUE-gjengens aller første mysterium. CLUE – Maltesergåten er basert på bokserien CLUE av Jørn Lier Horst, en serie som har et totalopplag på over 500 000 bøker siden første bok kom ut.