I en verden herjet av truende skapninger kjent som Kaiju, drømte Kafka Hibino om å verve seg til Japans forsvarsstyrke for å bekjempe dem. Kafka lovet sin barndomsvenn Mina Ashiro om å utslette Kaiju sammen. Men med tiden førte livet dem på forskjellige veier, og han måtte gi opp drømmen sin. I stedet fikk han jobb på et profesjonelt rengjøringsfirma som spesialiserer seg på å rydde opp etter Kaiju-kamper. Samtidig har Mina Ashiro steget i gradene og er nå kaptein for Forsvarets 3. divisjon. På jobben møter Kafka den ambisiøse Reno Ichikawa, som er fast bestemt på å bli en del av Forsvaret. Renos urokkelige vilje vekker Kafkas gamle drøm til live igjen: å stå skulder ved skulder med Mina og beskytte menneskeheten fra Kaiju.